El centro se especializa en diagnóstico, tratamiento y seguimiento de patologías oftalmológicas y en especial de glaucoma, recibiendo personas de todas partes de Ecuador y del extranjero que buscan soluciones a sus enfermedades. La cirugía ocular es también uno de los ejes del centro; se realizan intervenciones para el tratamiento de cataratas, enfermedades corneales, como el queratocono (trasplante de córnea) y cirugía refractiva para corregir defectos como la miopía, hipermetropía y astigmatismo, cirugía para glaucoma. 

El Instituto Vásquez además permite desarrollar la docencia. Estudiantes de tercer año del postgrado de Oftalmología de la Universidad Central y doctores que quieren realizar un Fellow para subespecializarse en Glaucoma, asisten todas las semanas al instituto para recibir clases con la doctora Ana María Vásquez y complementar su preparación académica.